Posiblemente Marugán deriva de la palabra árabe "merwah", un nombre que dieron al lugar los "mozarabes" ( cristianos bajo la dominación musulmana), que en su huida hacia el norte de la Península se establecieron en estos pagos.

Era un lugar de realengo y se hallaba bajo la jurisdicción religiosa de la Abadía de Párraces, la cual ejerció una influencia real en la historia del pueblo, desde el siglo XII al XV, , al igual que en otras seis localidades (Bercial, Muñopedro, Cobos, Etreros, Sangarcía, y Aldeavieja). Por otra parte, Marugán pertenece históricamente al Sexmo de la Trinidad, y como dato se constata que en el año 1591 tenia 111 habitante, de los que 108 eran pecheros y tres hidalgos.

En el siglo XI, Alfonso VI rey de Castilla, de León y de Galicia, encarga la repoblación del sur del Duero a su yerno Raimundo de Borgoña. En 1088 se repuebla Segovia. Los primeros repobladores proceden de Burgos, la Rioja, Vascongadas, León, etc.

Marugán, no sólo se encontraba bajo la jurisdicción religiosa, desde 1186, de la Abadía de Párraces, puesto que esa jurisdicción también era  real, por lo que casi toda su población estaba unida a los quehaceres que allí se realizaban como obreros o jornaleros.

Los primeros monjes de Párraces eran agustinos que contribuyeron al engrandecimiento y fama de Párraces y su entorno.

En 1562 llegan a Párraces los monjes jerónimos, que se dedicaron a instruir a las gentes, que sobresalen de las de otros lugares. Es a partir de ahora cuando Marugán quiere independizarse y mantiene juicios con la Abadía, por los prados del Regajal.

La invasión Francesa en el siglo XIX perjudica a toda la zona de Párraces, como se comprueba por las quejas de los vecinos a sus representantes.

En 1837, con la desamortización de Mendizábal se produce el final de la Abadía de Párraces, y la independencia de Marugán.

En 1947, varías decenas de vecinos de Marugán compran a los dueños de Párraces la granja de Bernuy, antigua propiedad de la Abadía, situada en la carretera de Sangarcia, pudiéndose ver todavía las ruinas de sus edificaciones